L'archéologie subaquatique dépend des Ministères de la Culture et du Travail, ce qui fait que sa place, et son cursus fédéral, soient très différent de ceux des autres commissions. L'archéologie subaquatique a pour objet d'inventorier, d'identifier et d'étudier les sites à caractère préhistorique ou historique. Ils peuvent être maritimes (épaves, ports, lieux de mouillage) ou dans les eaux intérieures (gués, bacs, ponts, structures immergées).Les opérations vont de la prospection à la fouille programmée sur plusieurs années. Généralement, les fouilles sont précédées par un sondage qui permet de mesurer l'importance du site et d'en identifier les données principales.. .

A la différence du plongeur "Bio" qui n'interfère pas sur l'environnement, le plongeur doit savoir évoluer sur un site archéologique sans risque pour lui et pour les vestiges.
Le plongeur en archéologie doit être formé afin de comprendre ce qu'il fait et ainsi participer à des opérations archéologiques en étant encadré. Le site de la commission nationale